A pécsi jezsuiták a török hódoltság alatt is működtették a rendházukat, sőt egy iskolát is fenntartottak, amelyet a mohácsi vész után úgy emlegették, mint az egykori pécsi egyetem utódát, de ebben az iskolában elemi szinten folyt az oktatás. A város felszabadulása után 1687-ben alakult meg a jezsuita kollégium, amely az 1704. évi rác támadásig töretlenül fejlődött, majd 1712-től indult újra az oktatás. A kollégiumban teljesen a Ratio studiorum alapján tanítottak, az iskola egyik különlegessége azonban az volt, hogy a latin nyelvű oktatás anyanyelvi magyarázatait, a diákok anyanyelvének megfelelően, három nyelven tartották: magyar, német és horvát nyelven. A kollégium épületét Széchenyi György ötvenezer forintos alapítványának a segítségével tudták felépíteni 1716 és 1726 között. A kollégium alapításának adománylevele, amelyet a királyhoz küldtek jóváhagyás és elfogadás végett:

„Mi Széchenyi György, Isten kegyelméből az esztergomi főegyházmegyének érseke és ennek a vármegyének főispánja, Magyarország prímása, született követ, stb. a jelen sorokkal minden érdekeltnek a következőket adjuk tudtára. Miután Isten sugallatára és erejének kegyes támogatásával már több jámbor és hasznos alapítványt tettünk, eszünkbe jutott Pécs hajdan igen gazdag városának - öt templomáról Fünfkirchennek is nevezik - siralmas állapota, amelyhez ugyanannak a terjedelmes egyházmegyének sorsa hasonlít. (Mint püspök, több éven át állottam ennek az egyházmegyének élén.) A törökök bűne miatt az ottani papok és szerzetesek kénytelenek voltak házaikat elhagyni, minek következtében, különböző felekezetek és az igaz hittől eltérő tanok terjedtek el, amint azt mindenki szomorú szívvel látja. Lelkipásztorkodási hivatásunknál fogva a végzetes betegség gyógyítására orvosságot akarunk nyújtani. A gonosz eretnekségek kiirtására és távoltartására, az eltévedt nyájnak Krisztus aklába való visszavezetésére módot akarunk nyújtani attól az egyetlen vágytól ösztönözve, hogy a nép és az ifjúság erényre, erkölcsre és tudományra nevelődjék. Részvétből és a Jézustársasági atyáknak megszokott jámborságában és buzgóságában bízva számukra a nevezett Pécs városának falain belül önszántunkból és érett megfontolás útján, legjobb tudásunk szerint kollégiumot tervezünk és alapítunk. Erre a célra kiutalványozunk 50 000 forintot, abból a 60 000 forintnyi összegből, amelyet 1693. július 25-én, tehát az elmúlt évben néhai Draskovich Pál grófnak 6% mellett kölcsönadtunk. Zálogul szolgálhatnak azok az összes, magyar földön fekvő birtokai, amelyek most özvegyének és utódainak kezén vannak, amint ez a pozsonyi káptalannál található hivatalos iratokból világos. Az adomány azonban ahhoz a feltételhez van kötve, hogy az említett 50 000 forintot kitevő összeg vagy a kamatok semmi másra nem fordíthatok, mint az előbb említett kollégium alapítására és fenntartására, amire a rend általános főnökét, főtisztelendő P. Gonzales Tirzust és összes utódait és a leendő kollégium rektorait lelkiismeretükben kötelezzük. Ha pedig idővel (amit az isteni jóság távol tartani kegyeskedjék) belső villongások, háborús mozgalmak és nagyobb forradalmak miatt ugyanazok a Jézustársasági atyák állandó és nyugodt tartózkodásra nem vethetnék meg ott a lábukat, akkor ezt az alapítványi összeget a magyar királyság határain belül tetszés szerint máshová vihetik, és ha a mondott okoknál fogva még az országban sem volna meg a teljes biztonság, abban az esetben a pénzt más országokba és tartományokba szabad vinni, de csak azzal a külön kifejezett feltétellel, hogy majd a nyugalom helyreálltával és a veszedelem megszűnésével, mihelyst szabad az út Magyarországra, vissza kell térniük és kötelesek az alapítványra nézve Magyarországon, még pedig a nevezett helyen a további intézkedéseket megtenni. Óhajtjuk azonban, hogy ennek az alapítványnak emlékére címerünket megfelelő felírással márványba vésve a kollégium kapuja felett elhelyezzék. Továbbá emlékezzenek meg a már egyszer említett atyák szabályuk és szokásuk szerint mindenkor szent miséjükben és imádságukban lelkünkről. A legalázatosabban kérem tehát Felségeteket, valamint fennkölt örököseit és utódait, azaz Magyarország jelen és jövő királyait, hogy jelen alapítványunkat és az összes bent foglaltakat kegyesen elfogadni és királyi tekintélyükkel megerősíteni és mindenkorra megőrizni kegyeskedjenek. Jónak találtuk, hogy a jelen adománylevelet hiteles megerősítésére saját kezünkkel írjuk alá és tekintélyének emelésére a hivatalos pecséttel lássuk el.

Kelt pozsonyi érseki kúriánkon, 1694. február 5-én”

Széchenyi György

esztergomi érsek